Wygląda że masz to ustawione dla 1/16 kroku.
Standardowo silniki krokowe na jeden obrót potrzebują 200 kroków (impulsów) co przy skoku śruby 5 mm daje 200/5=40 kroków na 1 mm. To dosyć marna rozdzielczość więc wprowadzono podział kroku na mikrokroki. Podziały są przez 2,4,8,16,32 itp.
W twoim przypadku Macha masz ustawionego tak jakby sterownik dzielił standardowy krok silnika na 16 mikrokroków.
Step per to jest właśnie ilość mikrokroków potrzebnych do przesunięcia osi o jedna jednostke w tym przypadku milimetr.
640/40 (standardowe przy skoku śruby 5 mm) = 16. Czy to dobrze, nie wiem. Wygląda dobrze bo nie jest to np. 17. Ale możesz mieć sterownik ustawiony na więcej (następne jest 32) i wtedy zamiast 100 mm oś będzie się przesuwać 50 mm.
A tak w ogóle, to nie do końca rozumiem jaki jest problem.
Czy maszyna nie trzyma wymiarów? 100 mm zadane w machu to inny wymiar rzeczywisty, czy trzyma wymiary tylko podjeżdża w inne punkty niż chcesz. Jeśli to pierwsze to sterownik, mikrokroki i ustawienie step per, jeśli to drugie to jakiś offset masz wpisany,